类风湿因子（RF）是一种以变性IgG的Fc段为靶抗原的自身抗体。此抗体包含在多种免疫球蛋白中，以真Fab段和邻近IgG分子Fc段结合，并包括IgG、IgA、IgM、IgD、IgE五类，除IgM-RF外其他均自身结合形成二具体。现用乳胶凝集法与蛋白比浊法检测的均为IgM类。
临床意义：类风湿因子在RA中阳性率为50％-70％，是诊断RA的重要血清学标准之一，但并不是特异的，RF阳性亦可见于其他疾病。且当RF阴性时，不能排除RA的可能性，仍应遵循1987年RA分类诊断标准，并通过其他如抗CCP抗体、AKA、AFA等早期诊断检测项目协助诊断。
抗核抗体是血清中存在的一组抗多种细胞核成份的自身抗体的总称。
临床意义：ANA可见于多种风湿性疾病，包括系统性红斑狼疮（SLE）、药物性红斑狼疮、混合性结缔组织病（MCTD）、类风湿关节炎（RA）、干燥综合征（SS）、进行性系统性硬化症（PSS）、多发性肌炎（PM）、皮肌炎（DM）及慢性活动性肝炎等。是自身免疫性结缔组织疾病的筛选试验。
抗ds-DNA抗体主要见于系统性红斑狼疮，是其高度特异性抗体之一，并列为红斑狼疮诊断标准之一，特异性为90％，敏感性（活动期）为70％，并与红斑狼疮疾病活动性密切相关，其抗体效价亦随疾病的活动或缓解而升降，甚至转阴。其他结缔组织病阳性率低（<10%)，一般认为是红斑狼疮重叠综合征。
波形蛋白是负责控制从溶酶体传送由低密度脂蛋白(LDL)所衍生的胆固醇至酯化位点。波形蛋白(Vimentin)是中间丝的其中一种蛋白质。一个波形蛋白单体，与其他中间丝相似，有着一个中央α螺旋结构域，在前端盖着一个非螺旋的胺基，及于末端盖着一个羧基。两个单体会互相扭曲，形成一个卷曲螺管形状的二聚物。
临床意义：早期诊断RA的血清学标志物。
ANCA的相应抗原为丝氨酸蛋白E3、MPO和一些少见的抗原如弹性蛋白酶等。是系统性坏死性血管炎的血清标记物。
临床意义：
1．ANCA可出现两种核型：①胞浆型（c-ANCA）：主要与韦格氏肉芽肿血管炎有关；②核周型（P-ANCA）可在Churg-Strass综合症及溃疡性结肠炎的病人中产生。
2．ANCA对于血管炎疾病的鉴别诊断及预后估计均有价值，而且是疾病活动的一个重要指标。在病人发病（复发）时，ANCA滴度均升高。有研究表明，c-ANCA在血管炎复发前2-5周可升高4倍。所以，c-ANCA可作为预测病情复发的指标。c-ANCA滴度可鉴别复发与其它原因（如感染）造成的病情恶化。
ENA的主要成分包括抗Sm抗体、抗SSA抗体、抗SSB抗体、抗Scl-70抗体、抗Jo-1抗体、抗U1-RNP抗体、抗r-RNP抗体。其对于风湿性疾病的诊断和鉴别诊断有极其重要的意义，其中Sm抗体为SLE的标记抗体，而SSB抗体为原发性干燥综合征的特异性抗体，抗Scl-70抗体主要在硬皮病中出现，抗Jo-1抗体是目前公认的多发性肌炎和皮肌炎的血清标记抗体。
CCP抗体是环状聚丝蛋白的多肽片段。以IgG型为主的抗体。
临床意义：CCP抗体是类风湿关节炎高度特异性的抗体，阳性率为51%，特异性〉96%，与类风湿关节炎的预后有很强的相关性，对类风湿关节炎的早期诊断很有意义。
β2GP1又称载脂蛋白H，由肝细胞合成，是分子量为50KD的单链糖蛋白。在抗磷脂抗体存在时，β2GP1可介导抗磷脂抗体结合到细胞膜上/磷脂膜上，导致细胞粘附分子表达增加，促进凋亡细胞清除，对抗磷脂抗体的发病机制有重要意义。
临床意义：抗磷脂综合征（APS）特异性抗体，阳性发生率为30-60%。狼疮诊断特异性抗体之一，如果狼疮病人阳性预示可能出现血栓等继发APS 。
核小体是真核生物细胞染色质的基本单位，它是由DNA和组蛋白以特殊的方式相连而组成的。当细胞受到致病因素作用时，细胞发生线粒体肿胀，细胞膜破裂并导致核小体的释放。已有资料表明核小体是SLE 的发病过程中一种主要的自身抗原，它可以刺激T细胞的增生活化，从而激活B细胞，并形成抗原抗体复合物参与SLE的发病。
临床意义：在系统性红斑狼疮患者血清中的阳性率为50-95%，特异性几乎为100%。抗核小体抗体比抗dsDNA抗体、抗组蛋白抗体更早出现于系统性红斑狼疮的早期，在系统性红斑狼疮的诱导和致病中有重要作用。
临床意义：抗PLA2R抗体是pMN的高特异性和灵敏度的血清学标志物，可以用于区分pMN、sMN。建议临床首诊病人使用IIFT进行筛查，确保抗体检出率，有效区分原发性、继发性MN。ELISA法用于阳性样本的定量分析，从而利于疾病活动性评估、制定治疗方案、疗效监测、病情预测等临床应用。
1979年，Young等发现RA血清中有一种能与鼠食管角质层反应的抗体，并对RA具有特异性，命名为抗角蛋白抗体。靶抗原为相对分子质量40000的聚角蛋白微丝蛋白。
临床意义：类风湿性关节炎标志性抗体，敏感性36-59%，特异性95%，是疾病活动度及预后的指标
临床意义：内因子是恶性贫血(PA)的特异性抗体；胃壁细胞是慢性萎缩性胃炎（CAG）的特异性抗体。
lgG抗体是反映人体免疫功能的重要指标，根据重莲结构不同分为4个亚类即IgG1、IgG2、IgG3、IgG4。IgG4是所占比例最小的IgG亚类，其合成主要受TH2细胞所分泌的细胞因子调控。
临床意义：特发性膜性肾病的诊断标准。
C1q是一种由18个多肽链组成的糖蛋白，含3个不同的亚单位。C1q与2个C1r和C1s分子形成复合物，即补体系统的第一个成分C1，在补体经典激活途径中起重要作用。同时还参与介导单核巨嗜细胞系统清除感染因素，凋亡产物及免疫复合物。
临床意义：SLE肾炎标志性抗体。
临床意义：Amphiphysin--僵人综合征，常伴发肿瘤乳腺癌，小细胞肺癌；CV2.1--边缘性脑炎，常伴发小细胞肺癌， 胸腺瘤；PNMA2--菱脑炎(脑干)，边缘性脑炎，常伴发睾丸癌；Ri--斜视性眼阵挛肌阵挛综合征，常伴发乳腺癌， 小细胞肺癌；YO--小脑变性，常伴发卵巢，乳腺及子宫癌；HU--脑脊髓炎，感觉神经病，常伴发小细胞肺癌， 成神经细胞瘤。
临床意义：高滴度的抗M2 抗体是原发性胆汁性肝硬化的标志；LC-1、SLA\LP、LKM-1、抗平滑肌抗体为自身免疫性肝炎标志性抗体；抗AMA抗体原发性胆汁性肝硬化的标志性抗体；M2-3E是重组的M2抗体，敏感性更高，是原发性胆汁性肝硬化的标志；SP100、GP210、PML原发性胆汁性肝硬化的标志性抗体；RO52抗体不具有疾病的特异性，但是如果与SLA\LP，预示疾病严重。
临床意义：Mi-2皮肌炎特异性抗体，阳性率为15-30%。多肌炎，阳性率为10%；KU抗体PM-SSc重叠综合征、SLE；PM-ScL100常见于多肌炎与硬化症的重叠综合征；PM-ScL75常见于多肌炎与硬化症的重叠综合征；Jo-1见于多肌炎，阳性率为25-35%。常与合并肺间质纤维化相关；PL-7肌炎特异性抗体，阳性率为5-10%；PL-12肌炎特异性抗体，阳性率为1-3%；SRP肌炎特异性抗体，阳性率为3%；EJ肌炎特异性抗体，阳性率为5%；RO52不具有疾病的特异性，但是在健康人群中阳性率低。
临床意义：肌内膜是麸质敏感性肠病特异性抗体，最重要的血清学标志物；网硬蛋白是麸质敏感性肠病特异性抗体；麦胶蛋白抗体阳性可帮助麸质敏感性肠病的诊断，也可适用于去麸质饮食或麸质载量检测的疾病活动度评估。
临床意义：Amphiphysin--僵人综合征，常伴发肿瘤乳腺癌，小细胞肺癌；CV2.1--边缘性脑炎，常伴发小细胞肺癌， 胸腺瘤；PNMA2--菱脑炎(脑干)，边缘性脑炎，常伴发睾丸癌；Ri--斜视性眼阵挛肌阵挛综合征，常伴发乳腺癌， 小细胞肺癌；YO--小脑变性，常伴发卵巢，乳腺及子宫癌；HU--脑脊髓炎，感觉神经病，常伴发小细胞肺癌， 成神经细胞瘤。
α-fodrin是120KD的器官特异性抗原，是干燥综合征(SS)患者涎腺组织中的一种特异性自身抗原，可丛NFs/sld鼠模型的腮腺组织中纯化。纯化的抗原在体外可刺激T 淋巴细胞增殖并产生IL-2、INFg等细胞因子。
临床意义：干燥综合征患者的血清可与纯化的α-fodrin抗原起反应并结合，但与对红斑狼疮(LE)和类风湿关节炎(RA)患者血清一般不起反应。由于抗α-fodrin抗体在LE患者中很少阳性，故该抗体较抗SS-A抗体对SS有较高的诊断价值。认为这一抗体可能在病理生理学上与SS患者的某些外分泌腺特征性表现有关。
抗核周因子的靶抗原存在于颊粘膜上皮细胞核周胞浆内，是上皮细胞的中等纤维结合蛋白或其前体，它是一种不溶性蛋白质。抗核周因子主要为IgG，也含有IgM及IgA成分。
临床意义：类风湿性关节炎标志性抗体。在早期RF阴性的类风湿关节炎病人中可有53.3% 的病人抗核周因子呈阳性。
临床意义：线粒体分型 M2高滴度抗M2抗体是原发性胆汁性肝硬化的标志；线粒体分型 M4在PBC中阳性率达55%且伴有抗M2抗体阳性，可能是疾病发展迅速的风险指标；线粒体分型 M9可能是PBC早期阶段指标和预后良好指标。
多种特异性不同的自身抗体。靶抗原为带负电荷的阴离子磷脂，如心磷脂。它们在自身免疫性患者血清中的反应性需要辅助因子(β2-糖蛋白Ⅰ即载脂蛋白H)。抗磷脂抗体可以导致梅毒试验假阳性反应，即VDRL阳性或螺旋体特异性抗体试验阴性而心磷脂-补体固定实验阳性，属于SLE分类标准之一。另外，它可以引起狼疮抗凝现象，导致APTT延长。
临床意义：ACL(IgG)APS标志性自身抗体，高浓度的aCL IgG与血小板减少症高度相关，ACL(IgM)APS标志性自身抗体，高浓度的aCL IgM与溶血性贫血高度相关。
临床意义：ANCA荧光法（CANCA、PANCA）：间接免疫荧光法是适用于抗中性粒细胞胞浆抗体的初筛实验，区分CANCA和PANCA，主要用于诊断肉芽肿性多血管炎，微动脉炎，结节性多动脉炎，Churg-Strauss 综合征，溃疡性结肠炎，自身免疫性肝炎。MPO、PR3见于多种系统性血管炎（Wegener’s 肉芽肿、微多动脉炎、坏死性新月体肾小球肾炎、过敏性肉芽肿性血管炎、结节性多动脉炎）GBM肺出血-肾炎（GoodPasture）综合征的标志性抗体。内皮细胞见于血管炎、SLE、APS。BPI、蛋白酶G、弹性蛋白酶、乳铁蛋白主要用于诊断肉芽肿性多血管炎，微动脉炎，结节性多动脉炎，Churg-Strauss 综合征，溃疡性结肠炎，自身免疫性肝炎。
