系统性红斑狼疮发病原因并不明确，目前认为与遗传、感染、药物、内分泌、环境等因素有关，但系统性红斑狼疮不是遗传疾病。其中，遗传因素是此病发病的重要因素，具有系统性红斑狼疮遗传因素的人，一旦遇到某些环境中的诱发条件，则会引发该病。有红斑狼疮家族史的发生率可高达 5% ～12% ，同卵孪生中发病率高达69% ，而异卵孪生与同家族群差距不大。 幼年和老年性SLE的男女之比约为1：2，这可能与内分泌有关。所以说，有遗传背景的孩子不一定都会得狼疮。

新生儿狼疮综合征是一种被动的胎儿自身免疫病，发病来自母体的自身抗体如抗SSA和抗SSB抗体，绝大部分表现为皮疹、血液学表现和肝功不全，与母体进入胎儿循环中的抗体相平行。出生后6-8个月，随着这些自身抗体的清除，新生儿症状可缓解，但胎儿心脏传导系统可受到母体抗体的长期损害，导致心脏并发症。

新生儿狼疮综合征的心脏表现包括心脏传导异常、结构异常、心肌病和充血性心衰。然而，最常见的是先天性心脏传导阻滞。先天性心脏传导阻滞可致胎儿死亡率增高（据报道为15-30%），大部分的幸存胎儿需装心脏起搏器。抗SSA抗体阳性的初产妇，有2%的胎儿发生先天性心脏传导阻滞，如果孕妇第一胎发生了，则再次妊娠的发生率可增高到20%，其他危险因素包括母体抗体滴度高、甲状腺激素低下和胎儿的基因多态性。