免疫荧光抗核抗体(IFANA)是SLE的筛选检查，对SLE的诊断敏感性为95%，特异性相对较低为65%。除SLE外，其它结缔组织病的血清中也常存在ANA，一些慢性感染也可出现低滴度的ANA。

ANAs包括一系列针对细胞核中抗原成分的自身抗体。其中，抗ds-DNA抗体对SLE的特异性95%，敏感性为70%，它与疾病活动性及预后有关；抗Sm抗体的特异性高达99%，但敏感性仅25%，该抗体的存在与疾病活动性无明显关系；抗核糖体P蛋白抗体与SLE的精神症状有关；抗组蛋白、抗U1RNP、抗SSA和抗SSB等抗体也可出现于SLE的血清中，但其诊断特异性低，因为这些抗体也见于其它自身免疫性疾病。抗SSB与继发干燥综合征有关。

其他自身抗体还有与抗磷脂抗体综合征有关的抗磷脂抗体(抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物)；与溶血性贫血有关的抗红细胞抗体(Coomb’s试验)；与血小板减少有关的抗血小板抗体；与神经精神性狼疮有关的抗神经元抗体。另外，SLE患者还常出现血清类风湿因子阳性。