蒙医科室为我院的特色疗区，以蒙医内科、蒙西医结合内科为主的综合性临床科室，设有蒙医门诊和病房。科室现有医护人员12人,主任医师2名，副主任医师2名，药剂师1名、护士7名，其中一名博士和一名在读师承博士。
蒙医科主要有机结合蒙医内科、蒙医外治疗法和现代医学。蒙医治疗疾病以“调节寒热、引病外出、平衡体素、提高各器官功能”为主要原则；蒙药特色为从大自然采取药物资源，剂型灵活多样、结合内服外治方法；外治疗法（蒙医疗术）有放血、针刺、灸疗、外敷、药浴、拔罐、推拿、蒙医康复训练等多种方法，具有疗效快、毒副作用极少等特点，因此被称为“自然疗法”。蒙医治疗疾病的特色和优势在于辨证论治，能治疗高血压、脑血管病后遗症、风湿类疾病、慢性疲劳综合症、月经不调、腰腿痛、面神经麻痹、颈椎病、腰椎间盘突出症、失眠症、顽固呃逆、便秘、呕吐、腹泻、肾病综合症、皮肤病等多系统的病症。