变态反应科是集临床、科研 教学于一体的具有专业特色的科室，尤其是在呼吸道、皮肤、眼耳鼻喉和季节性等相关的变态反应性疾病有着独到的诊疗技术，医疗和科研教学水平在自治区达到领先水平。工作环境由最初的简单门诊和实验室，扩建到拥有门诊、专科实验室及18张床位的专科病房。
1985年医院为建立变态反应科，选派宋岚、周益茹二位同志前往内蒙古医学院附属医院变态反应科进修变态反应专业，学习变态反应疾病的临床诊断与治疗，学习花粉、真菌的采集、培育、与抗原制备技术。经过1年的筹建，科室于1987年8月正式成立原呼和浩特铁路中心医院变态反应科。成立初始有诊室和实验室各一间，能够开展采集呼和浩特市常见致敏花粉30余种，培育常见致敏真菌20余种，制备花粉、真菌、食物常见过敏原78种，可以开展体内试验—皮内试验和班贴试验。1995年至1997年先后调入调出4人，并选派一名同志到广东医学院附属二院变态反应科实验室进行为期半年的学习。随着技术业务的不断扩大，2002年科室对过敏原检测范围已扩展到200余种，同时开展了体内试验：皮内试验、点刺试验、斑贴试验、鼻粘膜激发试验、眼结膜激发试验、气道激发试验、食物激发试验等十几项；体外试验:血清特异性抗体IgE、IgG4检测工作，为临床I-Ⅳ型变态反应疾病的诊治提供了理论依据。由于中西医结合治疗过敏性紫癜、湿疹样皮炎及特异性免疫治疗花粉症、哮喘等临床效果显著，吸引了大量区内、外病患前来就诊，年收治患者近百人，扩大了科室在业内的知名度。2004年成立国内唯一一家变态反应科专科病房，8名医护人员，24张床位。期间开展了I-Ⅳ型变态反应常见病的诊治工作，多次抢救因药物、食物、接触物诱发的过敏性休克、哮喘持续状态、皮肤过敏重症等，平均年收治入院患者250余人，取得了很好的社会效益，在国内同行业中产生很大反响，多家医院前来参观学习。随着技术业务的不断扩展，为满足日益增长的患者需求，至2011年，全科医护人员增至13人，为变态反应科的发展注入了新鲜力量。 近10年来完成国家及自治区自然基金项目7项。