复旦大学附属中山医院的内镜事业始于上世纪60年代，国内第1例胃镜检查、第1例结肠镜检查、第1例ERCP检查。1992年，在现任主任姚礼庆教授的努力下内镜中心正式成立，并成立了独立的专科。自2004年搬迁入新的门急诊大楼，从此步入了飞速发展的轨道。2007年成立卫生部消化内镜上海培训基地。2008年成立复旦大学内镜诊疗研究所，2011年成立上海市消化内镜诊疗工程技术研究中心。中心占地1500平方米， 2012年完成内镜量8万余例，年递增率高达20％。发展至今已成为我国设施最先进、年内镜诊疗人数最多、开展内镜诊疗种类最全的医疗单位之一
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