上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔黏膜科建立于1952年，为我国最早建立的、以研究和治疗口腔黏膜疾病为主的单位之一。科室是国家临床重点专科建设单位、国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位，是口腔黏膜病专业博士点单位，是全国口腔黏膜病领域名列前茅的优势学科。科室医师对口腔黏膜十大类疾病的诊治均有经验，并以“口腔黏膜癌前病变的诊治研究”为主攻目标，在中西医结合诊治黏膜病方面有较深入的研究。科室目前有专科医师14名，其中具有博士学位者9人，硕士学位者5人。博士生导师2名，硕士生导师2名，教授2名，副教授及副主任医师4名。
口腔黏膜科目前已承担了国家自然科学基金、国家科技部、国家教育部、国家“十五攻关”项目以及上海市科委、教委和卫生局等大量重要研究项目。在提高自身学术水平的同时，也加强建立一个国内及国际合作的学术网络。2001年6月起与该市同济大学口腔医院、华山医院、东方医院、曙光医院、上海市第一人民医院、上海市口腔病防治院等单位进行了口腔黏膜病的临床和科研协作。口腔粘膜科多名医师还以高级访问学者和进修形式完成了与美国、日本、德国、新西兰等国大学或医院的合作课题或学术交流，多次邀请美国、日本、韩国以及香港特别行政区的学术界著名专家来院做专题报告和学术讨论，加强了对外交流。口腔粘膜科成功主办多次全国口腔黏膜病学术会议，扩大了学术影响。
科室一周六天开设专科门诊和专家门诊，使用药物、微波、激光、手术、局部封闭等多种方法治疗口腔黏膜疾病取得了满意疗效，在全国位居先列，并在国际上享有一定声誉。