心脏外科成立于1997年，2000年与德国心脏中心（柏林）合作组建东方中德心脏研究所。2004年被上海市卫生局批准为上海市心力衰竭重点专科。2003年成立同济大学器官移植中心，同年成为同济大学外科学博士点单位，拥有博士生导师2名，已培养硕士、博士16名。2010年获批成为上海市住院医生规范化培训基地。2012年被上海市卫生局评选为市级重点专科。现为同济大学首个医学博士后流动站。 作为浦东地区第一家开展成人体外循环心脏直视手术的学科，是全国最早成功开展心脏移植、心肺联合移植、左心辅助装置的心脏中心之一，多项技术达到国内先进水平。现有上海乃至全国最先进的杂交手术室。常规开展体外循环下法洛四联症、三尖瓣闭锁、肺动脉闭锁、大动脉转位等复杂先心病纠治和瓣膜置换术，不停跳冠状动脉搭桥术，主动脉瘤以及主动脉夹层动脉瘤手术、外科射频消融术治疗心律失常。心脏外科以社会责任为己任，不但为广大患者和国际患者提供优质医疗服务，还是国内最早最多开展先心病慈善手术的单位，至今以为1000多名贫困儿童实施免费心脏手术。 心脏外科常规开展各种复杂、疑难先天性心脏病、风湿性瓣膜病、冠心病、大血管介入等手术。以微创和冠状动脉搭桥手术为学科特色，为患者提供就诊住院手术绿色通道及国内外著名专家预约平台。 科内具有主任医师4名，副主任医师5名，博士研究生导师2名，其中12人次先后入选上海市领军人才、上海市医学领军人才、上海市优秀学科带头人等计划。拥有DSA造影系统、4D心脏超声、双源炫速CT、3.0T核磁共振、远程会诊、杂交手术室等一流设备。 同时拥有上海市慈善总会、红十字会、老年基金会资金资助，常年为全国贫困心脏病患者开展免费慈善手术。
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