上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建的国内第一个消化疾病研究所）的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位（1989年起至今）、国家临床重点专科（消化内科，卫生部评审非部队医院排名第一）、国家临床重点专科（卫生部重点实验室）、国家211工程重点学科、上海市重点学科（消化内科，优势学科，本市唯一）、卫生部消化内科重点实验室（国内唯一）、上海市消化内科临床医学中心（本市唯一）和上海市“重中之重”临床医学中心（A 类，上海全部临床学科只有10家，消化内科唯一）、上海市消化内科临床质量控制中心（本市唯一）。同时还是中华医学会消化病学分会官方网站《中华消化网》的承担单位。
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